Die Verbandsgemeinde Rheinauen ist im Zuge der Verwaltungsreform im Juli 2014 durch das Landesgesetz über die freiwillige Bildung der neuen Verbandsgemeinde Waldsee vom 22. November 2013 aus den bislang selbstständigen Gemeinden Altrip und Neuhofen sowie der Verbandsgemeinde Waldsee (alt), bestehend aus den Ortsgemeinden Waldsee und Otterstadt, gebildet worden.
Die Verbandsgemeinde hieß vom 01.07.2014 bis 31.12.2015 Verbandsgemeinde Waldsee, da sich vor Beschluss des Fusionsgesetzes die betroffenen Gemeinden auf keinen Namen einigen konnten. Im Fusionsgesetz wurde festgelegt, dass innerhalb eines Jahres nach der Neubildung der endgültige Name zu bestimmen ist. Nach der Durchführung einer Meinungsumfrage in der neuen Verbandsgemeinde und den gefassten Beschlüssen über den Vorschlag eines Namens in den einzelnen Gremien der Verbands- und Ortsgemeinden, welche sich bis auf die Ortsgemeinde Waldsee für den Namen Verbandsgemeinde Rheinauen ausgesprochen haben, wurde im November 2015 vom Landtag entschieden, den endgültigen Namen der Verbandsgemeinde auf Rheinauen festzulegen. Ein entsprechendes Gesetz wurde verabschiedet.